解析にはPC, 液晶ペンタブレット（Wacom)、とソフトウエアを使用しています。PCは30-50万円程度のWindows PC, Apple PCを使用しています。
ソフトウエア(有償）
■ Amira (version 5.5.0, Visage Imaging GmbH, Berlin, Germany)
病理学研究室で行う画像解析の中心的な役割を担うソフトです。
■ Matlab (MATLAB R2021a; MathWorks, Natick, MA, USA)
主成分分析、分岐構造の解析等、様々な解析に用いています。
■ Checkpoint (Stratovan Davis, CA, USA)
立体再構成像を用いて座標を取得するのに使用しています。
■ Dragonfly 2022.1 ( Object Research Systems; Montreal, Canada )
抽出した対象の厚さ、太さ等をカラー表示するのに用いています。
フリーソフトウエア
■ Image J (Wayne Rasband, National Institutes of Health, USA)
医療画像の解析用に作られたNIHimageを基盤に開発された画像解析ソフトです。自然科学の分野で広く使われています。
■ DSI Studio (Fang-Cheng (Frank) Yeh、アメリカ)
DTI-MRI解析用（トラクトグラフィー）のソフトウエアです。
■ Miele-LXIV DICOM Workstation and Viewer (Alex Bettarini)
■ Horos
1991年にスイスのジュネーブ大学で開発されたDICOMビュー「Osiris」を継承したMac OS X専用の高機能DICOMビューアがOsiriX です。以前はよく使用していたのですが、有償になったため、ほぼ同一のソフト、Miele-LXIV DICOM Workstation and ViewerもしくはHorosを使用しています。
■ FMRIB Software Library (FSL)
FSLはfMRI,MRI,DTIを使用して撮像された頭部の画像処理のためにオクスフォード大学で作成されたソフトウエアです。おもに脳実質、脳室の描出に用いています。UNIX上で動かしています。
■アーカイブ
■ Delta Viewer
DeltaViewerは和田昌昭博士（大阪大学大学院情報科学研究科）が開発したソフトウエアで、描出した領域を三次元で表現するときに使用しています。
３次元プリンタ
■ Bytes from Bytes
2011年に研究室で導入した3Dプリンタの購入先です。最近では国内販売店もを通じても購入できるようです。
コンピュータ上で作った3Dデータを設計図として、断面形状を積層していくことで立体物を作成します（積層法）。
■ B9Creator
2013年に研究室で導入の3Dプリンタです。液状の樹脂に光を照射し少しずつ硬化させていく手法（光造形法）で立体物を作製します。