国内の研究室・研究施設
■ 先天異常標本解析センター；京都大学医学研究科 (外部)
センター収蔵の貴重な標本を研究に使用させていただいています。
■ 青山・谷間研究室; リハビリテーション科学 (外部)
膝関節、骨盤、大腿骨等整形外科領域の発生の研究、再生医療の研究を共同で行っています。大学院生指導でもお世話になっております。
教育面でも研究科横断型プログラムなど連携を図っています。
■ 島根大学医学部（旧解剖学講座）
講座が保管する貴重な胎児期初期の標本を研究に使用させていただいています。高解像度のMR顕微鏡を用いてT1強調像、DTI像を取得して解析します。
■ 滋賀医科大学医学部附属病院臨床研究開発センター 統計部門
形態計測学的研究の実際について、松林 潤先生と共同研究を行っています。
ソフトウエアMatlabを用いた自作プログラムを利用させていただいています。統計計算、プロクラステス解析、多変量解析（主成分分析、クラスター解析）、曲率計算等多岐にわたります。
■ 医学研究支援センター 小動物MRI室 (外部)
動物用 7T MRI/MRS システム BioSpec 70/20 USR (Bruker BioSpin) を用いて、最適の条件でT1強調像、DTI の胎児撮像をしていただいています。（今井宏彦先生と共同）よりよい画像解析のため、新規コイルの導入、DTI解析等を行っています。
■ 京都大学医学研究科附属脳機能総合研究センター (外部)
臨床用7T MRI (Siemens Magnetom 7T)を用いて、最適の条件でT2強調像の胎児撮像をしていただいています。膝コイル28ch (内径15cm)を利用し頭臀長の大きめの固体（CRL100mm以上）をおもに撮像しています。（岡田知久先生と共同）
■ 高エネルギー加速器研究機構/放射光科学研究施設
位相コントラストX線撮像法を用いて、高解像度のヒト胚子の撮像を取得しました。（放射光共同利用実験採択課題）に採択
■ 京都府立医科大学 生体機能形態科学（解剖学講座）(外部）
東京女子医科大学が有する世界有数の規模かつ手術を施されていない希少な先天性心疾患病理標本群に対し精確な3D画像構築を行い、立体構造・形態の観察と計測による基礎的検討、心筋線維の走行、および刺激伝導系の配置を解析し、多領域の専門家がチームを組み、微細解剖学的比較と診断・外科手術に有用な局所解剖学的検討を行うデジタル病理基盤研究を実施します。
■ 兵庫県立大学 応用情報科学研究科 (UH原口研究室）(外部)
胎児の心筋走行がいつ、どのように形成されるかを研究しています。心臓の画像解析が専門の原口亮先生にお世話になっております。
■ 発達脳科学研究室；東京大学教育学研究科 (外部リンク）
S基盤研究(S)ヒト脳の形態形成から行動生成に至る発達のダイナミクスに参加させていただきました。
■ 東京農工大学 医用情報工学 清水研究室 (外部リンク)
多元計算解剖学という、解剖学（形態学）と情報工学とを結びつけた新学術領域に参加させていただきました。様々な有益なDiscussionをいただきました。
海外の研究室
■ ゲッティンゲン大学・発生解剖学（ドイツ）
ヒト胚子コレクションの組織学的解析およびデジタルアトラス作成；基盤(B)(海外)
貴重なヒト胚子標本 (Blechschmidt Collection)をデジタル化させて頂きました。(Göttingen大学)
アーカイブ
■ 筑波大学磁気共鳴イメージング研究室 (巨瀬研究室）(2018.3まで)
京都コレクションを使用した器官形成期から出生までの各発生段階の胚子、胎児のＭＲ画像のデータベース化、さらにＭＲ断層画像、連続切片像から、各発生段階の胎児の形成および主要臓器の三次元立体画像を作成・データベース化する「ヒト胚の三次元データベース構築」（科学技術振興機構バイオインフォマティクス推進事業〜12）が行われました。この事業で撮像されたMRI画像1200体をわれわれの研究室で利用させていただいています。